CE et PAR 7 nitrates Bretagne : décision attendue fin 2026

Le 24 mai 2024, Philippe Gustin, préfet de la région Bretagne, a signé l'arrêté établissant le 7e programme d'actions régional « nitrates » (PAR 7). L'encre n'était pas sèche que l'association Eau et Rivières de Bretagne annonçait le dépôt d'un recours gracieux, prélude à un recours contentieux contre l'arrêté lui-même. Deux ans plus tard, l'instruction est en cours et une décision est attendue à l'automne 2026. Je m'arrête ici sur la mécanique juridique du dossier, parce qu'elle illustre quelque chose de plus large : la Bretagne est devenue le laboratoire du contentieux nitrates en France, et le résultat de cette instruction conditionnera la rédaction du 8e programme dans toute la France.

1. Le verdict avant tout : ce qui se joue à l'automne 2026#

Pour comprendre ce qui est en jeu, il faut séparer trois contentieux distincts qu'on confond souvent dans la presse.

Premier dossier, la carence de l'État : le tribunal administratif de Rennes a rendu le 13 mars 2025 deux jugements (n° 2204983 et n° 2204984) condamnant l'État pour insuffisance de ses mesures de lutte contre les marées vertes. Le préfet a reçu un délai de dix mois pour prendre toutes les mesures utiles. Le ministère public a fait appel. Eau et Rivières de Bretagne a saisi le juge de l'exécution le 17 avril 2025 face à l'inertie constatée.

Deuxième dossier, le recours en annulation contre le PAR 7 lui-même : déposé par Eau et Rivières de Bretagne devant le tribunal administratif de Rennes après rejet du recours gracieux adressé au préfet de région. C'est ce contentieux qui devrait être jugé à l'automne 2026, dans la fourchette habituelle de 24 à 30 mois entre le dépôt et le jugement au fond.

Troisième dossier, la procédure européenne : l'affaire C-154/25, ouverte le 24 avril 2025 par la Commission devant la CJUE, vise l'efficacité globale des programmes français, y compris les plus récents. Le calendrier européen est plus lent et la décision n'est pas attendue avant 2027 au minimum.

C'est le deuxième dossier qui m'intéresse ici, parce que c'est celui qui peut faire tomber l'arrêté préfectoral du 24 mai 2024. Si le juge administratif annule tout ou partie du PAR 7, l'État doit recommencer la rédaction, en respectant cette fois les motifs de l'annulation. L'effet immédiat est un vide juridique partiel, comblé en pratique par le maintien des mesures du PAR 6 antérieur tant que le nouveau texte n'est pas publié.

2. Question de compétence : pourquoi le TA de Rennes et pas le Conseil d'État#

Un arrêté préfectoral régional relève en première instance du tribunal administratif territorialement compétent, en l'espèce le TA de Rennes pour la région Bretagne. L'article R.312-1 du Code de justice administrative est clair sur ce point. Le Conseil d'État n'intervient comme juge de premier et dernier ressort que pour les actes réglementaires des ministres et autres autorités à compétence nationale (article R.311-1 du même code).

Il existe donc deux scénarios pour que le Conseil d'État se prononce sur le PAR 7 Bretagne.

Premier scénario, la cassation : après jugement du TA de Rennes, partie perdante fait appel devant la cour administrative d'appel de Nantes, puis, le cas échéant, pourvoi en cassation devant le Conseil d'État. Calendrier réaliste pour une décision finale du CE : 2028 au plus tôt.

Deuxième scénario, le renvoi par question prioritaire : si le requérant soulève un moyen de fond visant l'arrêté national d'encadrement (l'arrêté du 30 janvier 2023 relatif aux PAR, qui fixe le cadre que les préfets de région déclinent), la juridiction de première instance peut renvoyer au Conseil d'État par exception préjudicielle. Mais ce mécanisme est rare et le TA de Rennes le mobilise peu.

À ce stade, l'instruction confirmée est devant le TA de Rennes. Toute mention d'une « décision du Conseil d'État » en octobre 2026 doit être lue avec prudence : il s'agira d'un jugement de première instance du TA, pas d'un arrêt de la haute juridiction administrative. La nuance compte parce qu'elle conditionne la portée jurisprudentielle nationale du dossier. Un jugement de TA lie l'administration sur le cas d'espèce, un arrêt du Conseil d'État crée une jurisprudence opposable partout en France.

3. Le contenu contesté du PAR 7 Bretagne#

L'arrêté préfectoral du 24 mai 2024 décline en Bretagne le 7e programme d'actions national (PAN 7) fixé par l'arrêté ministériel du 30 janvier 2023, lui-même entré en vigueur au 1er janvier 2024. La déclinaison bretonne ajoute des mesures spécifiques pour les zones d'actions renforcées (ZAR) et les baies « algues vertes », sur lesquelles porte l'essentiel de la critique associative.

Les principales obligations du PAR 7 Bretagne sont quatre.

La balance globale azotée (BGA) est plafonnée à 20 unités d'azote par hectare de surface agricole utile pour les exploitations situées dans les bassins versants des baies algues vertes, soit environ 2 600 exploitations couvrant 200 000 hectares. Dans le PAR 6, ce plafond existait déjà mais avec des dérogations larges. Le PAR 7 les a resserrées, sans les supprimer. C'est précisément le sujet du contentieux : les dérogations subsistantes vident-elles le dispositif de son sens ?

Les reliquats d'azote post-récolte : un seuil d'alerte fixé à 50 unités d'azote par hectare déclenche des prescriptions agronomiques renforcées. Le PAR 6 ne fixait pas de seuil chiffré clair. C'est une avancée, mais les associations contestent le caractère opérationnel du dispositif sans contrôle systématique et sans sanction automatique.

Le seuil d'obligation de traitement (SOT) des effluents d'élevage est relevé de 20 000 à 25 000 unités d'azote produites par exploitation. La chambre d'agriculture présente cette mesure comme un allègement administratif pour les petites unités. Les ONG y voient une régression incompatible avec l'objectif de réduction global.

La gestion des captages eau potable classés zones à enjeux prioritaires est renforcée par des fiches réglementaires spécifiques. Mais l'effort porte sur l'information, pas sur des obligations contraignantes nouvelles. C'est aussi un point critiqué dans le recours en annulation.

J'ai animé en avril dernier un atelier de formation continue auprès d'agents instructeurs de DDT bretons. Le constat partagé en salle est sans ambiguïté : le PAR 7 a complexifié les contrôles sans renforcer significativement les moyens d'intervention. Un agent de la DDT du Finistère m'a résumé la situation en une phrase : « On nous demande de contrôler plus, avec les mêmes effectifs, sur un texte plus dense, et on nous reproche ensuite de ne pas voir baisser les nitrates. »

4. La fragilité juridique du PAR 7 : sept moyens d'annulation identifiables#

Le recours en annulation d'Eau et Rivières de Bretagne, dont les conclusions exactes ne sont pas publiques, mobilise selon toute vraisemblance les moyens classiques du contentieux des PAR. Sur la base des recours antérieurs aboutis (TA Toulouse 12 décembre 2022 annulant partiellement le PAR 6 Occitanie, TA Rennes 18 juillet 2023 sur le PAR 6 Bretagne), je dégage sept axes de fragilité.

Premier axe, l'insuffisance des mesures au regard de la directive 91/676/CEE. La directive impose aux États membres une obligation de résultat : réduire la pollution par les nitrates et atteindre le bon état des eaux. Si le programme adopté ne permet manifestement pas d'atteindre cet objectif, il est entaché d'erreur manifeste d'appréciation. Les chiffres bretons jouent contre l'administration : entre 2010 et 2023, la baisse des concentrations en nitrates dans les bassins versants algues vertes n'a été que de 21 à 30 %, alors que l'objectif fixé pour 2027 par la directive cadre sur l'eau impose le bon état général. La concentration moyenne dans les rivières bretonnes plafonne à 33 mg/l depuis dix ans.

Deuxième axe, le principe de non-régression codifié à l'article L.110-1 du Code de l'environnement. Si certaines mesures du PAR 7 abaissent le niveau de protection environnementale par rapport au PAR 6, le moyen est sérieux. Le relèvement du seuil d'obligation de traitement de 20 000 à 25 000 unités d'azote est typiquement le genre de mesure qui peut tomber sous ce contrôle, comme en témoigne l'arrêt du Conseil d'État du 2 mars 2026 sur les zones humides.

Troisième axe, l'insuffisance de l'évaluation environnementale stratégique prévue par la directive 2001/42/CE. La rédaction d'un PAR doit être précédée d'une évaluation environnementale qui examine les effets prévisibles du programme. Si cette évaluation est lacunaire ou si elle n'examine pas sérieusement les alternatives plus protectrices, le moyen tient.

Quatrième axe, le défaut de prise en compte des avis des instances consultatives. Les avis du Conseil scientifique régional du patrimoine naturel, du Comité national de l'eau et du Conseil régional Bretagne sont obligatoirement recueillis. Si les avis défavorables n'ont pas été examinés ou si la motivation de l'écart est insuffisante, l'arrêté encourt l'annulation.

Cinquième axe, l'incompatibilité avec le SDAGE Loire-Bretagne dont la mise à jour 2022-2027 fixe des objectifs précis pour les masses d'eau bretonnes. Un arrêté préfectoral ne peut pas s'écarter du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux sans risque d'annulation.

Sixième axe, la violation du principe de précaution (article L.110-1 II du Code de l'environnement) en présence d'un risque scientifiquement établi pour la santé humaine, notamment via les captages d'eau potable concernés par les zones à enjeux prioritaires. Le lien entre nitrates dans l'eau et risques sanitaires (méthémoglobinémie infantile, suspicion de cancérogénicité) est documenté.

Septième axe, la carence de motivation sur les choix opérés. Tout arrêté préfectoral doit être motivé, surtout quand il s'écarte des recommandations scientifiques ou des avis consultatifs. Si la motivation se limite à un rappel formel des textes sans justifier les choix techniques, l'arrêté peut être annulé pour insuffisance de motivation.

Aucun de ces moyens n'est gagné d'avance. Mais cumulés, ils créent une vulnérabilité réelle de l'arrêté du 24 mai 2024.

5. Le précédent qui pèse : Conseil d'État 3 avril 2014 et TA Toulouse 2022#

L'histoire récente du contentieux des programmes nitrates n'est pas uniformément favorable aux associations. Le Conseil d'État a rejeté, par décision du 3 avril 2014, le recours de France Nature Environnement et Eau et Rivières de Bretagne contre le 5e programme d'actions national établi par le décret du 10 octobre 2011. La haute juridiction a estimé que le programme n'était pas manifestement inadapté à l'objectif de la directive nitrates, malgré ses lacunes. Une jurisprudence prudente, qui reconnaît à l'administration une marge d'appréciation technique large.

Plus récemment, le tribunal administratif de Toulouse a annulé partiellement, le 12 décembre 2022, le PAR 6 Occitanie pour deux dérogations relatives à la couverture des sols, jugées contraires à l'objectif de la directive. Décision intéressante parce qu'elle prouve qu'un PAR régional peut tomber sur des points précis sans être globalement annulé. Le juge a écarté l'annulation totale au profit d'une annulation partielle ciblée, ce qui laisse l'arrêté en vigueur sur tout le reste.

Le TA de Rennes, dans son jugement du 18 juillet 2023, a censuré l'absence de mesures spécifiques aux baies algues vertes dans le PAR 6 Bretagne et a enjoint à l'État de combler cette lacune. C'est en réponse à ce jugement que le PAR 7 a intégré le plafond BGA à 20 unités d'azote. Si le juge estime, fin 2026, que cette intégration reste manifestement insuffisante au regard de l'amplification des marées vertes, le rebond contentieux est prévisible.

6. Le rapport de force agriculteurs versus ONG : ce qui se cristallise#

Au-delà de la technique juridique, le contentieux PAR 7 cristallise un affrontement structurel entre deux modèles. D'un côté, la FNSEA et la Chambre d'agriculture de Bretagne défendent un modèle productif fondé sur l'élevage hors-sol intensif (130 000 emplois directs et indirects, 30 % du PIB régional). De l'autre, les associations Eau et Rivières de Bretagne, France Nature Environnement Bretagne, Bretagne Vivante et Sources et Rivières du Limousin défendent une lecture stricte de la directive nitrates et plaident pour une baisse drastique des cheptels.

La consultation publique du printemps 2024 a mobilisé plus de 400 contributions, partagées en deux blocs irréductibles. Les citoyens et les associations ont massivement réclamé un durcissement. Les agriculteurs et leurs représentants ont demandé des allègements, en pointant la concurrence européenne (Pays-Bas, Espagne, Italie) qui appliquerait la directive de manière plus souple.

Cette situation n'est pas tenable juridiquement. La France est sous procédure d'infraction permanente depuis trente ans. Trois condamnations CJUE (27 juin 2002 affaire C-258/00, 13 juin 2013 affaire C-193/12, 4 septembre 2014 affaire C-237/12) et une quatrième procédure ouverte en avril 2025. Le pays risque des astreintes financières si l'écart entre le droit européen et la situation française continue de se creuser.

Pour les exploitations bretonnes, ce climat d'incertitude a des conséquences fiscales et pèse sur la planification des investissements. Quand un agriculteur installé en zone vulnérable ne sait pas si l'arrêté qui régit ses pratiques sera toujours en vigueur dans dix-huit mois, il diffère ses décisions stratégiques. C'est un coût caché du contentieux récurrent.

7. Ce qui peut être annulé concrètement à l'automne 2026#

Sur la base de l'analyse des moyens et des précédents, trois scénarios sont plausibles pour l'automne 2026.

Scénario 1, rejet du recours : le TA de Rennes estime que le PAR 7 a tenu compte des injonctions du jugement du 18 juillet 2023 et qu'il n'est pas manifestement insuffisant. L'arrêté reste en vigueur. Eau et Rivières de Bretagne fait appel devant la CAA de Nantes. Probabilité : 30 %, en cohérence avec la prudence du juge sur la marge d'appréciation administrative.

Scénario 2, annulation partielle : le juge censure deux ou trois mesures précises (relèvement du SOT, dérogations à la BGA, absence d'obligations contraignantes sur les captages), tout en laissant l'arrêté en vigueur sur le reste. Le préfet doit reprendre la rédaction sur les seuls points censurés. Probabilité : 50 %, la plus forte parce qu'elle correspond à la jurisprudence dominante.

Scénario 3, annulation totale : le juge estime que les insuffisances sont structurelles et que le programme dans son ensemble est inadapté. Cette hypothèse correspondrait à un signal fort, comparable à l'arrêt CE du 2 mars 2026 sur les zones humides. Probabilité : 20 %, possible mais sans précédent à cette échelle sur un PAR régional.

Quel que soit le scénario, l'effet d'entraînement sur les autres régions sera fort. Les douze autres PAR régionaux signés en 2024 mobilisent des mécanismes proches, et toute jurisprudence bretonne sera invoquée par les associations dans les régions où l'état des eaux est dégradé (Hauts-de-France, Pays de la Loire, Centre-Val de Loire, Champagne-Ardenne).

Ce que je retiens#

Le PAR 7 Bretagne n'est pas un texte ordinaire. C'est le point d'application d'un contentieux de trente ans sur l'efficacité du droit français à protéger les eaux contre les nitrates. La décision attendue à l'automne 2026 devant le TA de Rennes (pas le Conseil d'État, malgré ce qu'on lit parfois) tranchera un dossier dont les enjeux dépassent largement la Bretagne. Si l'arrêté tombe partiellement ou totalement, le 8e programme national devra être rédigé sous une contrainte juridique nouvelle. S'il tient, le contentieux remontera devant la CAA de Nantes puis devant le Conseil d'État, avec un calendrier décalé à 2028.

Dans les deux cas, la France reste exposée au contentieux européen (affaire C-154/25), et la concentration moyenne de nitrates dans les rivières bretonnes (33 mg/l) restera, dans l'intervalle, au-dessus des objectifs fixés. Les obligations du PAR 7 pour les exploitations agricoles continueront de s'appliquer jusqu'à l'éventuelle annulation. La gestion des captages d'eau potable en zones à enjeux prioritaires reste de toute façon un chantier autonome qu'aucun jugement contentieux ne fera disparaître.

Le prochain rendez-vous, c'est l'audience au TA de Rennes. La date n'est pas publique au moment où j'écris ces lignes, mais le délibéré devrait suivre dans les semaines suivant l'audience. Pour les juristes d'entreprise et les exploitants agricoles concernés, la veille est essentielle : la suite du dispositif national se jouera sur ce dossier.