Mégabassines : droit de l'eau contre droit des espèces

Pourquoi un ouvrage de stockage d'eau destiné à l'irrigation agricole mobilise-t-il simultanément le droit des installations IOTA, le régime de dérogation espèces protégées, le principe de non-régression et une loi votée spécifiquement pour contourner la jurisprudence ? C'est la question que pose le contentieux des mégabassines, et la réponse est plus technique qu'on ne le croit.

Le débat médiatique oppose irrigants et écologistes. Le débat juridique, lui, porte sur un conflit de normes qui n'a toujours pas trouvé son point d'équilibre : nomenclature IOTA d'un côté, réserves d'interprétation du Conseil constitutionnel sur la loi Duplomb de l'autre, et le principe de non-régression au milieu.

Toute retenue de substitution (le terme technique pour désigner les mégabassines) relève du régime des installations, ouvrages, travaux et activités (IOTA) prévu aux articles L. 214-1 et suivants du code de l'environnement. Le prélèvement d'eau dans une nappe souterraine à des fins d'irrigation est soumis à déclaration ou autorisation selon les volumes prélevés et la sensibilité de la ressource.

Pour bien comprendre ce mécanisme : la nomenclature IOTA fonctionne par rubriques. Les retenues de substitution relèvent principalement de la rubrique 1.1.2.0 (prélèvements dans les eaux souterraines) et de la rubrique 3.2.3.0 (plans d'eau permanents ou non). Le franchissement des seuils de la rubrique 3.2.3.0, fixé à 3 hectares pour l'autorisation et 0,1 hectare pour la déclaration, détermine la procédure applicable. Une mégabassine de 8 hectares comme celles du bassin de la Sèvre Niortaise relève du régime d'autorisation, ce qui implique une étude d'impact, une enquête publique et un arrêté préfectoral.

Le problème, c'est que la nomenclature IOTA n'a pas été conçue pour gérer des ouvrages de cette ampleur. Elle vise historiquement des plans d'eau piscicoles, des retenues collinaires modestes, des ouvrages hydrauliques classiques. Les retenues de substitution de plusieurs hectares, alimentées par pompage hivernal dans les nappes, sont un usage que le cadre réglementaire absorbe mal.

C'est ici que le contentieux des mégabassines se distingue de la plupart des contentieux IOTA. Les retenues de substitution sont construites dans des zones humides ou à proximité immédiate, des milieux qui abritent des espèces protégées (amphibiens, oiseaux nicheurs, insectes). La destruction ou l'altération de l'habitat de ces espèces est interdite par l'article L. 411-1 du code de l'environnement, sauf dérogation accordée par le préfet au titre de l'article L. 411-2.

Cette dérogation, dite "dérogation espèces protégées", est soumise à trois conditions cumulatives : l'absence de solution alternative satisfaisante, le fait de ne pas nuire au maintien de l'état de conservation favorable des espèces concernées, et l'existence d'une raison impérative d'intérêt public majeur (RIIPM). La troisième condition est celle qui a fait basculer le contentieux.

Le Conseil d'État, dans une décision rendue à propos d'un parc éolien en Dordogne (n° 494510, 23 février 2026), a précisé la méthode d'appréciation du "risque suffisamment caractérisé" d'atteinte à l'état de conservation des espèces protégées, un raisonnement transposable aux retenues de substitution. Le juge doit évaluer le risque non pas espèce par espèce de manière isolée, mais en tenant compte de l'effet cumulé des projets sur le même territoire. Prenons un exemple parlant : si cinq retenues de substitution sont prévues dans un même bassin versant, l'impact sur les populations de tritons crêtés ou de busards cendrés ne se calcule pas projet par projet. Il se calcule globalement. Cette méthode rend plus difficile l'obtention de la dérogation pour les projets situés dans des bassins déjà sous pression.

Lors d'un cours de droit de l'environnement que je donne en master 2, un étudiant m'a demandé si cette jurisprudence revenait à rendre les mégabassines juridiquement impossibles. La réponse est non. Mais elle les rend juridiquement fragiles dans les territoires où la biodiversité est déjà dégradée, c'est-à-dire précisément là où le stress hydrique pousse les agriculteurs à demander des retenues.

Face aux annulations successives de projets de mégabassines par les tribunaux administratifs (Niort, Poitiers, La Rochelle), le législateur a tenté de modifier les règles du jeu. La loi du 11 août 2025 "visant à lever les contraintes à l'exercice du métier d'agriculteur", dite loi Duplomb, a introduit à l'article 5 une présomption de RIIPM pour les ouvrages de stockage d'eau à usage agricole. Concrètement, cela signifie que le porteur de projet n'aurait plus à démontrer que son ouvrage répond à une raison impérative d'intérêt public majeur : la loi le présume.

Le Conseil constitutionnel, saisi par soixante députés et soixante sénateurs, a rendu sa décision le 7 août 2025 (n° 2025-891 DC). Il a validé le dispositif, mais sous deux réserves d'interprétation qui en réduisent la portée :

• La présomption de RIIPM n'est qu'une présomption simple, pas irréfragable. Le juge administratif peut la renverser si les éléments du dossier montrent que le projet ne répond pas à un intérêt public majeur.
• Les prélèvements sur les eaux souterraines visés par la présomption excluent les prélèvements au sein des nappes dites "inertielles" (nappes profondes dont le renouvellement est extrêmement lent).

Ces deux réserves sont des garde-fous. La première maintient le contrôle juridictionnel effectif : un opposant peut toujours contester la RIIPM devant le tribunal administratif, malgré la présomption légale. La seconde protège les ressources en eau les plus vulnérables.

Sur ce point, je n'ai pas de certitude absolue sur la manière dont les tribunaux administratifs vont appliquer cette présomption simple dans les prochains mois. Le texte est récent. Les premiers contentieux sous ce régime n'ont pas encore donné lieu à des décisions de fond. C'est un terrain juridique encore instable.

Le contentieux des mégabassines se joue aussi sur le terrain du principe de non-régression. L'arrêt du Conseil d'État du 2 mars 2026 (n° 497009), qui a annulé l'arrêté ministériel du 3 juillet 2024 assouplissant les conditions de création de plans d'eau en zones humides, a un impact direct sur les projets de retenues de substitution.

L'arrêté annulé relevait le seuil d'application des prescriptions environnementales à un hectare. En dessous, la création d'un plan d'eau en zone humide n'était plus soumise aux mêmes contraintes. Le Conseil d'État a jugé que cet assouplissement méconnaissait le principe de non-régression codifié à l'article L. 110-1 du code de l'environnement : les zones humides jouent un "rôle essentiel en matière environnementale" et la réduction de leur protection par voie réglementaire est contraire à ce principe.

Le raisonnement est transposable aux mégabassines. Un collègue publiciste m'a d'ailleurs fait remarquer, lors d'un colloque sur le droit des ressources naturelles, que cet arrêt de mars 2026 pourrait devenir le nouveau "socle dur" du contentieux environnemental pour les dix prochaines années. Tout texte réglementaire qui assouplirait les conditions d'implantation de retenues de substitution en zones humides est potentiellement attaquable sur ce fondement. La nuance est importante ici : le principe de non-régression ne s'oppose pas à la loi, seulement aux actes réglementaires. La loi Duplomb, en tant que loi, échappe à ce verrou. Mais les décrets d'application et les arrêtés préfectoraux qui en découlent, eux, restent soumis au contrôle de non-régression.

Le vrai problème juridique des mégabassines, celui que les médias ne traitent pas, c'est l'empilement de trois régimes juridiques distincts qui ne communiquent pas entre eux :

Le régime IOTA évalue l'impact sur la ressource en eau (volumes prélevés, débits réservés, niveau des nappes). Le régime de dérogation espèces protégées évalue l'impact sur la biodiversité (habitats détruits, populations affectées, mesures compensatoires). Le principe de non-régression évalue le niveau global de protection environnementale (le texte diminue-t-il ou non la protection existante ?).

Un porteur de projet de mégabassine doit satisfaire les trois simultanément. L'autorisation IOTA ne vaut pas dérogation espèces protégées. La dérogation espèces protégées ne préjuge pas de la conformité au principe de non-régression. Et la présomption de RIIPM de la loi Duplomb ne couvre que la condition de RIIPM dans le cadre de la dérogation espèces protégées ; elle ne dispense ni de l'absence de solution alternative, ni du maintien de l'état de conservation, ni de la procédure IOTA.

Cette complexité n'est pas un accident. C'est le résultat de couches normatives successives qui n'ont jamais été harmonisées. La directive cadre sur l'eau impose le bon état écologique des masses d'eau. Le droit des espèces protégées est issu de la directive Habitats. Le principe de non-régression est une création du droit national français. Ces trois sources n'ont pas le même objet, pas les mêmes critères, pas les mêmes juges spécialisés.

Pour les collectivités impliquées dans des projets territoriaux de gestion de l'eau (PTGE, projets de territoire pour la gestion de l'eau), la jurisprudence récente impose une méthodologie rigoureuse. Le guide de conformité environnementale s'applique ici : avant de lancer un projet de retenue de substitution, il faut vérifier la solidité juridique du dossier sur les trois fronts (IOTA, espèces protégées, non-régression).

Le tribunal de La Rochelle a condamné en juillet 2025 neuf agriculteurs de Charente-Maritime à un total de 1,5 million d'euros pour des délits environnementaux liés à l'usage illégal de mégabassines entre 2020 et 2023. Le contentieux pénal vient s'ajouter au contentieux administratif. Un projet non conforme expose non seulement à l'annulation de l'autorisation, mais aussi à des poursuites pénales pour atteinte aux espèces protégées ou pollution des eaux.

Les études d'impact environnemental pour les projets de retenues de substitution doivent intégrer cette triple dimension. Un dossier qui traite l'impact hydrologique sans évaluer l'impact sur les espèces protégées, ou qui obtient la dérogation espèces protégées sans vérifier la conformité au principe de non-régression, est un dossier vulnérable.

Le contentieux des mégabassines pose une question que le droit ne résoudra pas seul. L'eau est une ressource finie dont la disponibilité diminue. Les nappes phréatiques du Marais Poitevin ont connu une baisse significative des niveaux piézométriques depuis les années 1970. Le changement climatique accélère cette tendance. Les agriculteurs ont besoin d'eau pour maintenir leurs exploitations. Les écosystèmes ont besoin d'eau pour survivre.

Le droit, tel qu'il est structuré, gère ce conflit par superposition de régimes sans les hiérarchiser. La nomenclature IOTA gère les volumes. La dérogation espèces protégées gère la biodiversité. Le principe de non-régression gère le plancher de protection. Mais aucun de ces mécanismes ne tranche la question de l'allocation de la ressource entre usages concurrents. Ce n'est pas un paramètre que le droit de l'environnement intègre aujourd'hui de manière unifiée.

Le débat des mégabassines est autant juridique qu'hydrologique parce que le droit est le seul terrain où les deux camps disposent d'armes symétriques. Les agriculteurs ont la loi Duplomb. Les associations ont le principe de non-régression et la dérogation espèces protégées. Le juge administratif arbitre, dossier par dossier, sans doctrine globale d'allocation de la ressource. Ce n'est pas satisfaisant sur le plan intellectuel, mais c'est le cadre dans lequel on travaille.

• Le Conseil d'État dit non aux mini-mégabassines, LPO
• Principe de non-régression et zones humides, Cabinet Gossement Avocats
• Mégabassines et espèces protégées : la présomption de RIIPM restreinte, Adaltys Avocats
• Dérogation espèces protégées : méthode d'appréciation du risque, Cabinet Gossement Avocats
• Loi Duplomb : décision du Conseil constitutionnel n° 2025-891 DC, Vie publique
• Mégabassines : quel régime juridique ?, Drouot Avocats
• Mégabassines / Installations IOTA, Green Law Avocats