Conseil d'État et zones humides : le principe de non-régression comme verrou juridique

L'arrêt du 2 mars 2026 (n° 497009, 497839, 497885) ne fera probablement pas la une des journaux généralistes. Il devrait. Le Conseil d'État vient d'annuler l'arrêté ministériel du 3 juillet 2024 qui assouplissait les conditions de création de plans d'eau en zones humides, en se fondant sur le principe de non-régression du droit de l'environnement. C'est la première fois que la haute juridiction administrative utilise ce principe avec une telle netteté pour censurer un texte réglementaire qui diminuait le niveau de protection d'un écosystème. Ce n'est pas un détail de procédure. C'est un verrou juridique qui vient de se verrouiller.

L'arrêté du 3 juillet 2024 : ce que le gouvernement avait modifié#

Le cadre antérieur#

Depuis l'arrêté du 24 juin 2021 modifiant les prescriptions applicables aux opérations soumises à la nomenclature IOTA (installations, ouvrages, travaux et activités), la création de plans d'eau en zones humides était soumise à des conditions strictes. Ces conditions visaient à protéger les fonctions écologiques des zones humides : régulation hydraulique, filtration des eaux, réservoir de biodiversité, stockage de carbone. Toute création de plan d'eau dans ces espaces devait respecter des prescriptions techniques garantissant la préservation de ces fonctions, quelle que soit la surface du plan d'eau.

L'assouplissement contesté#

L'arrêté du 3 juillet 2024 a relevé le seuil d'application de ces prescriptions. Concrètement, les conditions de protection ne s'appliquaient plus qu'aux plans d'eau de surface supérieure à un hectare. En dessous de ce seuil, la création d'un plan d'eau en zone humide n'était plus soumise aux mêmes prescriptions environnementales. L'objectif affiché par le ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires était de faciliter la création de retenues collinaires et de plans d'eau agricoles, dans un contexte de tensions sur la ressource en eau et de sécheresses récurrentes.

Le problème, c'est que la grande majorité des plans d'eau créés en zones humides sont inférieurs à un hectare. En relevant le seuil, le gouvernement a de facto exclu du régime de protection la quasi-totalité des projets concernés. Ce n'était pas un ajustement technique. C'était un changement de paradigme, présenté sous les atours d'une simplification administrative.

Le principe de non-régression : genèse et portée#

Un principe inscrit dans la loi depuis 2016#

Le principe de non-régression est codifié à l'article L. 110-1 du code de l'environnement, issu de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages. Il dispose que la protection de l'environnement ne peut faire l'objet que d'une amélioration constante et que l'évolution des dispositions relatives à la protection de l'environnement ne peut avoir pour effet de réduire le niveau de protection de l'environnement qui est assuré. Seule la loi peut y déroger, et dans des conditions strictes.

En clair : un décret ou un arrêté ne peut pas diminuer le niveau de protection environnementale fixé par un texte réglementaire antérieur. Si le gouvernement veut abaisser un standard de protection, il doit passer par la loi, c'est-à-dire par le Parlement.

Une jurisprudence encore jeune#

Le principe de non-régression a été invoqué dans plusieurs affaires depuis 2016, mais son application par le Conseil d'État restait prudente. La haute juridiction l'avait reconnu comme principe invocable à l'encontre d'un acte réglementaire, sans pour autant l'utiliser systématiquement comme motif d'annulation. L'arrêt du 2 mars 2026 marque un tournant parce que le Conseil d'État pose un raisonnement limpide : les zones humides jouent un « rôle essentiel en matière environnementale » ; l'arrêté de 2024 réduit objectivement leur niveau de protection ; cette réduction est contraire au principe de non-régression ; l'arrêté est annulé.

Ce raisonnement en trois temps (importance environnementale de l'écosystème, réduction effective de la protection, annulation) pourrait devenir un standard pour les contentieux futurs. C'est là que les juristes en droit de l'environnement vont lever les yeux de leur écran. Ce type de décision fait écho au moratoire de cinq ans sur la chasse au lagopède alpin, rendu le même jour, où le Conseil d'État a également imposé une protection renforcée face à l'inertie ministérielle.

Le contexte factuel : 41 % des zones humides dégradées en dix ans#

Le Conseil d'État rappelle dans sa décision que 41 % des principales zones humides identifiées en France se sont dégradées entre 2010 et 2020. Ce chiffre, issu des évaluations nationales, illustre l'ampleur du problème. Les zones humides représentent environ 3 % du territoire métropolitain mais abritent une part disproportionnée de la biodiversité, assurent la régulation des crues et constituent des puits de carbone significatifs. Leur destruction est en grande partie irréversible. Une zone humide drainée ou comblée ne se reconstitue pas en quelques décennies.

Quand j'ai présenté cet arrêt lors d'un séminaire de droit public la semaine suivant la décision, un étudiant m'a demandé pourquoi le gouvernement avait pris le risque de cet assouplissement alors que les données sur la dégradation des zones humides étaient connues. La réponse honnête, c'est que le lobbying agricole sur la question des retenues d'eau est intense depuis les épisodes de sécheresse de 2022 et 2023. Le conflit entre adaptation au changement climatique (stockage d'eau pour l'irrigation) et protection des écosystèmes aquatiques est réel. L'arrêté de 2024 tranchait en faveur de l'adaptation agricole. Le Conseil d'État vient de dire que ce n'est pas au pouvoir réglementaire de faire ce choix.

Les associations requérantes et la stratégie contentieuse#

L'annulation a été obtenue par six associations : France Nature Environnement, Eau et Rivières de Bretagne, Sources et Rivières du Limousin, ANPER-TOS, la Ligue pour la Protection des Oiseaux et l'Association Française pour l'Étude et la Protection des Poissons. La coalition est significative : elle couvre des associations généralistes (FNE, LPO) et des associations spécialisées dans la protection des milieux aquatiques. La LPO et FNE ont une capacité contentieuse importante et un historique de victoires devant le Conseil d'État.

La stratégie consistait à attaquer l'arrêté sur plusieurs moyens, dont le principe de non-régression et l'insuffisance de l'évaluation environnementale. Le Conseil d'État a retenu le principe de non-régression comme motif suffisant d'annulation, sans avoir besoin d'examiner tous les autres moyens. C'est un signal fort : le principe se suffit à lui-même.

Les conséquences pratiques pour les porteurs de projets#

Retour au droit antérieur#

L'annulation de l'arrêté du 3 juillet 2024 a pour effet de rétablir les prescriptions antérieures issues de l'arrêté du 24 juin 2021. Les projets de création de plans d'eau en zones humides, quelle que soit leur surface, sont donc à nouveau soumis à l'ensemble des prescriptions de protection. Les projets en cours d'instruction qui comptaient sur le seuil d'un hectare pour échapper aux prescriptions renforcées doivent revoir leur dossier.

Au-delà des plans d'eau#

La portée de cet arrêt dépasse largement la question des plans d'eau. Le raisonnement du Conseil d'État est transposable à tout texte réglementaire qui réduirait le niveau de protection d'un milieu naturel considéré comme jouant un « rôle essentiel en matière environnementale ». Les forêts, les corridors écologiques, les espaces littoraux, les zones Natura 2000 : tout assouplissement réglementaire de leur régime de protection est potentiellement attaquable sur le fondement du principe de non-régression.

C'est une contrainte considérable pour le pouvoir réglementaire. Et c'est, à mon sens, une bonne nouvelle (ce n'est pas toujours le cas quand un principe juridique se rigidifie ; ici, le contexte de dégradation accélérée des milieux naturels le justifie). Le principe de non-régression n'interdit pas de modifier les règles environnementales. Il interdit de les affaiblir par voie réglementaire. La nuance est capitale : le gouvernement peut toujours réformer, à condition de maintenir ou d'améliorer le niveau de protection. S'il veut le diminuer, il doit convaincre le Parlement.

Pour les entreprises et les collectivités qui portent des projets d'aménagement en milieu sensible, la leçon est claire : vérifier, avant de lancer un projet, que le régime réglementaire applicable n'est pas susceptible d'être annulé sur le fondement de la non-régression. Un audit de conformité environnementale incluant cette dimension juridique devient un préalable indispensable. La jurisprudence sur la protection des espaces Natura 2000 montre une trajectoire jurisprudentielle similaire de rigidification des standards de protection.